À l'Académie Ninjutsu, Doi enseigne aux jeunes ninjas "Nintama". Un jour, il part se confronter à un ninja du clan rival, mais disparaît sans laisser de traces. Les Nintamas s'inquiètent pour lui. Au même moment, l'Académie reçoit des nouvelles inquiétantes comme quoi leurs rivaux au Château Dokutake trameraient quelque chose.